1. Poblaciones afrodescendientes. Perspectivas antropológicas para su estudio.
2. Lengua, cultura y sociedad
3. Regimenes de movilidad
4. Antropología de la educación y de la interculturalidad
5. Procesos bioculturales: curso de vida (ontogenia humana), alimentación-nutrición, salud-enfermedad.
6. Lingüística descriptiva de lenguas indoamericanas
7. Procesos históricos y culturales mesoamericanos
8. Antropología económica
9. Antropología de la complejidad humana
10. Arqueología del ámbito doméstico
11. Arqueología de sociedades complejas
12. Osteología antropológica.
13. Estrategias de reproducción y representaciones sociales (en CIMSUR, San Cristóbal, Chiapas)
14. Estado y ciudadanía en chiapas y centroamérica (en CIMSUR, San Cristóbal, Chiapas)
15. Estudios sobre la frontera Chiapas-Guatemala: territorio, dinámicas y procesos actuales

De acuerdo con lo establecido en el Plan de Estudios del Doctorado en Antropología, aprobado por el Comité Académico del 14 de octubre de 2010 y aprobado por el Consejo de Estudios de Posgrado el 12 de Noviembre de 2010, el estado actual y las tendencias futuras de los campos de conocimiento que abarca el Plan de Estudios pueden ser explicados a partir de las consideraciones de los campos que el Programa incluye:

1. Antropología física: antropología física y biológica de poblaciones contemporáneas y del pasado; antropología física forense; paleoantropología y evolución humana; primatología antropológica; auxología y ontogenia.
2. Antropología social: procesos de globalización, migración y mercados; campesinado y nuevas ruralidades; estudios de género; cultura, símbolos e identidades sociales; relaciones interétnicas; antropología del turismo; antropología jurídica; antropología jurídica y del poder.
3. Etnología: etnografías regionales; cultura y la cuestión étnico-nacional, religiosidad popular y cultura política; estudio de cosmovisiones, códices y sociedad colonial, cuerpo y persona, sistemas ontológicos y cosmológicos, mitología y procesos rituales.
4. Arqueología: origen de la agricultura y de las sociedades sedentarias, surgimiento del estado y de la sociedad urbana; arqueología del ámbito doméstico; patrones de asentamiento y arqueología ambiental; arqueología de superficie y del paisaje; geoarqueología; etnoarqueología; arqueología mesoamericana y del norte y occidente de México; poblamiento temprano y sociedades de cazadores recolectores.
5. Lingüística antropológica: fonología, morfología y sintaxis, sociolingüística, semántica y antropología semiótica y análisis del discurso, antropología lingüística (incluyendo la etno-semántica, la etnografía del habla y la lingüística cognitiva).

Para elaborar este programa se tomó como base, en primer término, la documentación sobre la maestría en antropología que ofreció, en años previos, la propia Facultad de Filosofía y Letras.
Hasta 1971, la UNAM otorgó, por convenio con la Escuela Nacional de Antropología e Historia (SEP), el grado de maestría a los alumnos egresados de esa institución de educación superior, quienes constituyeron hasta hace pocos años el grupo principal de aspirantes al doctorado en antropología de la UNAM.
El Consejo Universitario del 12 de enero de 1972 aprobó el plan de estudios de la maestría en antropología, con especialidades en antropología física y en antropología social (documentos de 1969 y 1974, elaborados por la Comisión de Estudios Superiores de Antropología). Se proyectaba ampliar dicha maestría al resto de las ramas antropológicas, pero por diversos motivos tanto la ampliación proyectada como el programa mismo quedaron suspendidos.
Por otro lado, de forma permanente, el personal académico del Instituto de Investigaciones Antropológicas (IIA) ha venido insistiendo en la necesidad de vincular la investigación con la docencia en nuestra universidad, sobre todo a nivel de posgrado. En este sentido se dio a la tarea de reformular la maestría en antropología que había quedado suspendida.
A principios de 1991 se creó en el IIA una comisión con representantes de las diferentes ramas en antropología, que trabajó bajo la coordinación de la asesora del Departamento de Antropología de la Facultad de Filosofía y Letras en el análisis de la situación actual de la formación de antropólogos y las características del proyecto de maestría. Se tuvieron en cuenta las opciones que ofrecen otras instituciones y la potencialidad de la propia UNAM para consolidar este proyecto. La UNAM cuenta, en efecto, con una planta académica altamente calificada en el campo de la antropología y con programas de posgrado bien establecidos, con los que se puede propiciar una estrecha colaboración. Se aprovecharía de igual manera la infraestructura y apoyo de los programas académicos del Instituto de Investigaciones Antropológicas, lo que redundaría, asimismo, en una más amplia vinculación docencia-investigación. (información tomada del Programa de Posgrado en Antropología, aprobado por el Consejo Técnico de la Facultad de Filosofía y Letras el día 23 de abril de 1998 y por el Consejo Técnico de la Coordinación de Humanidades el 10 de septiembre de 1998, pág. 8-9).
En el año 2010, el Plan de Estudios de doctorado, fue nuevamente modificado para adecuarse a las condiciones actuales que enfrentan los alumnos de este nivel, dichas adecuaciones se aprobaron por el Consejo de Estudios de Posgrado en noviembre de 2010. Actualmente, se está trabajando en la adecuación del Plan de Estudios de Maestría para garantizar una mejor formación del alumnado y aumentar la eficiencia terminal.